La adición o inserción de uno o de varios nucleótidos, o la pérdida de uno o varios nucleótidos, es también un tipo de variación que se observa en el ADN de los diferentes individuos de una misma población, aunque este tipo de variación no suele ser tan frecuente como los SNP. Cuando una persona en una determinada posición tiene la misma deleción, o la misma adición en el cromosoma materno y en el paterno se dice que esa persona es homocigótica, sin embargo, cuando la deleción o la adición está presente en un cromosoma y ausente en el hómologo, se dice que es heterocigótica.
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